氣相色譜儀系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。

儲液器的流動相被高壓泵打入系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱(固定相)內，由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數，在兩相中作相對運動時，經過反復多次的吸附-解吸的分配過程，各組分在移動速度上產生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內流出，通過檢測器時，樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式打印出來液相色譜儀主要有進樣系統、輸液系統、分離系統、檢測系統和數據處理系統。

FID氫火焰氣相色譜儀的組成結構：

載氣系統：包括氣源、氣體凈化、氣體流速控制和測量

進樣系統：包括進樣器、氣化室（將液體樣品瞬間汽化為蒸氣）

色譜柱和柱溫：包括恒溫控制裝置（將多組分樣品分離為單個）

檢測系統：包括檢測器，控溫裝置

記錄系統：包括放大器、記錄儀、或數據處理裝置、工作站

氣相色譜儀工作原理：是利用試樣中各組分在氣相和固定液液相間的分配系數不同，當汽化后的試樣被載氣帶入色譜柱中運行時，組分就在其中的兩相間進行反復多次分配，由于固定相對各組分的吸附或溶解能力不同，因此各組分在色譜柱中的運行速度就不同，經過一定的柱長后，便彼此分離，按順序離開色譜柱進入檢測器，產生的離子流訊號經放大后，在記錄器上描繪出各組分的色譜峰。