離子色譜儀的分離原理是基于離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子之間進行的可逆交換和分析物溶質對交換劑親和力的差別而被分離。適用于親水性陰、陽離子的分離。

　　如幾個陰離子的分離，樣品溶液進樣之后，首先與分析柱的離子交換位置之間直接進行離子交換（即被保留在柱上），如用NaOH作淋洗液分析樣品中的F-、Cl-和SO42-，保留在柱上的陰離子即被淋洗液中的OH-基置換并從柱上被洗脫。對樹脂親和力弱的分析物離子先于對樹脂親和力強的分析物離子依次被洗脫，這就是離子色譜分離過程，淋出液經過化學抑制器，將來自淋洗液的背景電導抑制到小，這樣當被分析物離開進入電導池時就有較大的可準確測量的電導信號。

　　離子色譜儀的系統壓力故障分析：

　　1.系統壓力降低或無壓力

　　在離子色譜儀的使用過程中，如果系統發生泄漏了，就會造成系統壓力的降低。發生這種情況需要仔細檢查離子色譜儀各個接頭是否已擰緊，如有松動，請立即擰緊。此外，當系統流路中有大量氣泡存在，進入泵內形成空穴，啟動泵后系統壓力無顯示，亦無溶液流出，此時要做的就是想將泵停止運行，并擰松蠕動泵的螺絲，使用注射器抽出氣泡即可，然后再次啟動泵。

　　2.系統壓力升高

　　一般來說，在離子色譜儀使用之前，需要將高壓極限壓力設定好，一般范圍為15MP左右。為了防止離子色譜儀由于高壓出現問題，系統在升至高壓極*會自動關閉，當壓力超過正常壓力的30%時，則可以認定壓力不正常。壓力的升高與以下因素有關：

　　①當有機溶劑與水混合時，由于溶液的黏度，密度變化壓力亦會升高；

　　②某段管子堵塞造成系統壓力突然升高。逐段檢查，更換；

　　③當流速超過正常壓力0.7mL/min時，壓力也會升高。

　　3.保留時間的延長或縮短

　　保留時間的變化會直接影響到待測組分的定性和定量，影響離子色譜保留時間穩定的因素有：

　　①離子色譜儀又不見在使用時街頭沒有擰緊，存在漏液現象；

　　②系統內有氣泡使得泵不能按設定的流速傳送淋洗液；

　　③使用的碳酸氫鈉和碳酸鈉的淋洗液放置時間過長。